Fauna

De uiterwaarden zijn zeer rijk aan vogels. In de waarden zijn vele soorten sprinkhanen, libellen en vlinders waargenomen, waaronder het icarusblauwtje. Bij de verdere ontwikkeling van de natuur zullen deze zeker toenemen. Ook zijn vele amfibieën zoals de heikikker en watersalamander geen vreemden in het gebied. Voor amfibieën zijn speciaal enkele natuurpoelen gegraven. De steenuil maakt regelmatig gebruik van de oude knotbomen in de uiterwaard. Schapen zijn de enige grazers die op het fortterrein zijn toegestaan. Zij helpen het gras op de taluds kort te houden zonder de hellingen te beschadigen.

Vogels

Het gebied rondom het Fort wordt gekenmerkt door een rijkdom aan vogelsoorten. Na de herinrichting van de Everdingse en Goilberdingse uiterwaarden, waarbij er meer ruimte kwam voor het water, is de variatie aan soorten alleen maar toegenomen. De plassen en de vegetatie zorgen voor veel diversiteit. Voorbeelden zijn visdief, brandgans, bergeend, kuifeend, kluut en diverse kleine steltlopers als kleine plevier, bontbekplevier, oeverloper, witgatje en bonte strandloper. Bijzonder zijn een zwarte wouw die kwam overvliegen en een grote zilverreiger die kwam foerageren. Ganzen, eenden en zwanen komen in groten getale en soorten voor. Steltlopers, zoals grutto's, scholeksters, watersnippen en wulpen foerageren langs de oevers. Zilverreigers (groot en klein) en lepelaars worden met regelmaat waargenomen. Incidenteel is de heilige ibis gezien. Roofvogels zoals buizerd, sperwer en bruine kiekendief jagen hier. Van boomvalk en steenuil zijn broedgevallen bekend. Men verwacht dat in de toekomst wellicht de zwarte ooievaar en de zeearend weer in uiterwaarden zullen terugkeren. Laatstgenoemde is incidenteel langs de Lek al waargenomen. In het voorjaar is een deel van de uiterwaard afgesloten in verband met broedende vogels. Bij de fortgracht wordt regelmatig het ijsvogeltje gezien. Op het fortterrein heeft enkele jaren de bosuil gebroed. Kauwen en kraaien hebben zich genesteld in het torenfort.

Vleermuizen

De fortgebouwen vormen een ideale overwinteringplaats voor vleermuizen: de constante lage temperatuur en de hoge luchtvochtigheid is precies goed. Ventilatie en in/uitvliegopeningen zijn er genoeg. Bovenal is het rustig op het Fort. Soorten die in forten van de Waterlinie kunnen worden aangetroffen: Baard-, Meer-, Gewone Grootoor-, Water-, Franjestaart-, Dwergvleermuis. De diverse vleermuispopulaties genieten een beschermde status. Dit gegeven zal zeker ook van invloed zijn op de planvorming van de toekomstige publieke functie(s) van het Fort.
Bij de wintertelling 2009/2010 werden in de grondgedekte gebouwen op Fort Everdingen 79 vleermuizen gregtreerd.: 44 baardvleermuizen, 26 watervleermuizen, 3 gewone grootoorvleermuizen, 3 gewone dwergvleermuizen en 3 niet te identificeren.

Vissen

Een fortgracht is doorgaans, door zijn geïsoleerde ligging, rijk aan vis. De gracht om Fort Everdingen is dan ook een aantrekkelijke plek voor sportvissers. In opdracht van de Nieuwegeinse visvereniging OVB (Ons Vis Belang) is in 2007 een visstandbemonstering uitgevoerd in de fortgracht. Bij dit onderzoek werden totaal 10 soorten aangetroffen, wat de visstand niet erg divers maakt. Het meest gevangen zijn blankvoorn, brasem, bittervoorn en ruisvoorn. In het noordelijke deel van de gracht werden ook snoek, karper en zeelt aangetroffen, alsook een enkele paling en pos. Opvallend was het ontbreken van grotere en oudere exemplaren. De inventarisatie noemt als knelpunten voor een gezonde en evenwichtige visstand onder meer het lage waterpeil (ca. 50cm lager dan normaal), het ontbreken van stroming, de aanwezigheid van een dikke, onverteerde baggerlaag (het gevolg van veel invallend blad) en veel kroosvorming. De twee laatste punten zijn de veroorzakers van een slechte zuurstofhuishouding. Het zo goed als ontbreken van oudere exemplaren wordt vooral geweten aan de regelmatige aanwezigheid van aalscholvers op het water. Het resultaat van onderzoek uitgevoerd in 2008 is inmiddels ook bekend en laat ongeveer hetzelfde beeld zien als in 2007.